المجلس العسكري الانتقالي هو مشروع فرضته معاناة السوريين لأكثر من عشرة أعوام بدون أي تقدم في خطوات انهاء الصراع في سوريا وتحقيق أهداف الثورة الشعبية ويسعى الى استعادة المؤسسات السورية لدورها الوطني ولتكون في خدمة الشعب السوري وتستجيب لتحديات ما بعد الحرب السورية التي تحمل تعقيدات لا تقل أهمية عن تعقيدات الحرب السورية وهذه التعقيدات تشمل آلية إعادة بناء مؤسسات الدولة و منع عودة الصراع في سوريا و مواجهة المجموعات غير المنضبطة في كافة الأطراف السورية المستفيدة من طول فترة الصراع والتي تعتبر الحل السياسي تهديد لمصالحها وكذلك مواجهة تحديات المنافسة الدولية في سوريا وتحديات تتعلق بالمجموعات الايدلوجية والراديكالية والمشاريع المعادية للدولة الوطنية وتهديدات دول الجوار ولهذا لا بد من المحافظة على عودة سريعة للمؤسسات الفاعلة في الدولة السورية ولا يمكن ذلك بدون المجلس العسكري الانتقالي الذي سيتولى مهام (الدفاع عن سيادة واستقلال البلاد وحماية وحدتها وإعادة هيكلة وبناء المؤسسة العسكرية على أسس وطنية وتأمين إدماج قوى الثورة وفعالياتها ضمن هذه المؤسسات، تحت إشراف هيئة الحكم الانتقالية وقيادة كافة العمليات العسكرية لحماية الحدود ومحاربة الإرهاب وضمان وقف إطلاق النار وتطبيق المعايير القانونية لضمان حماية المدنيين وخاصة في مناطق النزاع وبؤر التماس وحماية البنى التحتية، ومؤسسات الدولة والموارد الوطنية بناء على تكليف من هيئة الحكم الانتقالية وإعادة الكفاءات والخبرات والعناصر المنشقة ودمج من يرغب من قوى الثورة ضمن تشكيلات وطنية احترافية وحماية الحدود والمعابر ومنع دخول العناصر غير السورية أو المساعدات إلى أية جماعات محظورة).
